策略背景介紹

　　非模式物種的高通量測序項目， 采用De novo組裝參考序列，將面臨費時費力費錢、組裝錯誤率高，注釋困難等系列問題。如果能找到近緣物種基因組并進行修正，是一種省力省錢，且準確可靠的策略。然而傳統算法因容錯率低，不能修正高差異度的參考序列。FANSe由于其高精準度、高容錯能力，在近緣物種基因組修正上表現突出，可以在很大程度上解決非模式物種高通量測序的參考序列問題。

優勢

●  避免了采用De novo組裝參考序列面臨的費時費力費錢、組裝錯誤率高，注釋困難等系列問題
●  近緣物種基因組修正策略，相對省力省錢，且結果準確可靠
●  基于FANSe的近緣物種基因組修正，能完美應對高差異度的參考序列

應用方向

案例【臨床分離修正基因組】[1]

背景

　　臨床分離一株短小芽孢桿菌(Bacillus pumilus)，與標準模式菌株Bacillus pumilus SAFR-032基因組差異度高達5%。 用Illumina HiSeq-2000測序儀測序其基因組，將reads向標準模式菌株參考基因組進行逐次累進比對，以尋找基因組突變及修正基因組。隨機挑選1994個位點，使用毛細管測序（一代測序）方法測定真實的基因組，以檢驗幾種算法檢測突變和修正基因組的能力。

結果

　　在實驗驗證的1994個位點中，FANSe 修正基因組的結果無一假陽性、無一假陰性，完美符合真實基因組。而傳統算法 Bowtie2 和 Stampy 修正的結果存在大量的假陽性和假陰性，其修正的基因組有許多堿基不符合真實狀況，被實驗所否定。下圖展示了部分實驗驗證結果，標灰色的堿基為不符合實際的堿基。這一結果顯示了FANSe2驚人的準確性和可驗證性。

基因名	驗證區段長度	不符合實驗驗證的堿基數量（假陰性、假陽性）
		原始參考序列	Bowtie2修正	Stampy修正	FANSe修正
BPUM_11_39	360	69(19.2%)	69	16	0
hisC	720	38(5.3%)	38	5	0
yceD	360	40(11.1%)	40	4	0
rpsC	554	2(0.4%)	3	0	0

參考文獻

[1] X Wu, L Xu, W Gu, Q Xu, QY He *, X Sun *, G Zhang * Iterative Genome Correction Largely Improves Proteomic Analysis of Nonmodel Organisms. Journal of proteome research (2014), 13 (6), 2724–2734.